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El video comienza desde la creación de la primera célula hasta la extinción de los dinosaurios y el reinado del hombre, cuando muestra al ser humano como primitivo y violento por naturaleza. Esto incluye imágenes de bailes del Ku Klux Klan, de un caballero preparándose para la batalla durante las Cruzadas y un desfile militar nazi, suicidios, bombardeos estadounidenses en Vietnam, violaciones, el Holocausto etc., así como imágenes acerca de la contaminación, caza de ballenas, clonación genética y una crítica a la cultura actual. Además, también se incluyen lo que se pueden considerar como imágenes del futuro en las que aparecen bombardeos a cargo de aviones futuristas o explosiones nucleares.

Al preguntársele acerca de la canción, Eddie Vedder declaró que "Do the Evolution" habla sobre aquellos que están embriagados con la tecnología, aquellos que creen ser el ser vivo que controla el planeta, y declara que es una de esas canciones en las que no es su personalidad quien la canta.

Marsh, Dave. "Pearl Jam: Art and Economy". Musician Magazine. Abril de 1998.